Struktur organisasi Direktorat Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan  Jakarta III terdiri dari komponen:
1.    Senat Poltekkes
2.    Direktur
3.    Pembantu Direktur I, II,III;
4.    Kepala Penyelenggaraan Administrasi:
a.    Sub Bagian Administrasi Umum, Keuangan dan Kepegawaian
b.    Sub Bagian ADAK & Persin
 
c.    Unit-Unit :
1)    Kepala Unit Penelitian dan Pengabdian Masyarakat
2)    Kepala Unit Penjaminan Mutu
3)    Kepala Unit Perpustakaan
4)    Kepala Unit Asrama
5)    Kepala Unit Laboratorium
6)    Kepala Unit Komputer

Susunan Struktur Organisasi adalah sebagai berikut :
Direktur Poltekkes Kemkes Jakarta III    : Heryati, S.Kp., M.Kes.
Pembantu Direktur I    : Yeti Resnayati, S.Kp., M.Kes.
Pembantu Direktur II    : Dra. Maryanah, M.Kes.
Pembantu Direktur III    : Drs. Chairlan, M.Biomed.
Ka. Sub.Bag ADUM dan Kepegawaian    : Agus Sri Sukoco, SKp, MKes
Ka. Sub.Bag ADAK & PERSIN    : Dra. Nelly Yardes, MKes